Новой столицей уменьшившейся страны был избран город Цетинье, где построили дворец и монастырь. Цетинье было суждено стать государственным и духовным центром черногорцев, поддерживающим их в стремлении к свободе в последующие пять долгих веков. В Цетинье начал работу первый в южнославянских землях печатный дом. В 1493 году в свет было выпущено пять церковных книг, напечатанных на кириллице.
С 1513 года Черногория выделяется в особую административно-территориальную единицу в составе Османской империи, с высокой степенью автономии, co своим правительством, судебными органами и постоянной армией. А население горных районов сохранило фактическую независимость и образовало своеобразную теократическую республику под главенством владык, митрополитов Черного Леса. В результате развития феодальных отношений в Черногории образовались, наряду со стойким патриархально-родовым укладом жизни горцев, феодальные поместья, владельцы которых для упрочения своего положения принимали ислам (согласно законам Османской империи, землей мог владеть лишь мусульманин). Таким образом, борьба крестьянства и церкви против феодалов на протяжении всего периода 16-17 веках носила как национально-освободительный и классовый, так и религиозный характер. Такое положение в стране сохранялось до Кандийской войны (1645-1669 г.г.), после которой территория вокруг гор Ловчен вновь обрела полную независимость, каковую, однако, не торопился признать турецкий султан. Восстановились тесные торговые отношения с Венецией.
С конца 18 века Черногория становится серьезным фактором в политике европейских держав как важный стратегический пункт и торговый узел. Существенную роль начинают играть интересы черногорского православного духовенства, определявшего политику духовных владык Черногории из рода Пйтровичей Негошей: с одной стороны, власть их стала наследственной, с другой, они устремились к Адриатическим портам и плодородным равнинам, которые могли бы обеспечить страну продовольствием.
Верховная власть, как духовная так и светская, принадлежала цетиньским Владыкам. Органами государственной власти являлись Общий черногорский сбор и Совет глав племен. На более низких уровнях руководство осуществлялось советами племен. В 1697 году черногорский сбор избрал владыкой Данило I - первого правителя династии Пйтровичей. Данило начал организованную борьбу за политическое и религиозное объединение страны, подрываемое межклановыми конфликтами и проводимой турками на границах страны исламизацией населения. 1712 год вошел в историю черногорского народа как год одной из величайших побед армии страны над боснийским визирем Ахмедом-пашой в битве у Царева Лаза.
Объединенная усилиями владыки Петра I Петровича (года правления 1784-1830) - по многим мнениям самой выдающейся фигуры в Черногорской истории - страна встала на путь укрепления своего суверенитета. После серии больших побед над превосходящими по силе турецкими армиями, в 1796 году влияние Турции было ограничено и Черногория стала де-факто независимым государством. Заслугой Петра I также было преодоление затяжного внутреннего кризиса: он объединил черногорские кланы, установил прочные связи с жителями побережья, находившегося под оккупацией Австрии. Им были изданы законы, обеспечивавшие уход от традиционной, клановой организации общества и введение современных государственных институтов и методов управления. С тех пор Петр I почитается черногорцами в качестве главного народного героя.
Петр II Петрович Негош (1830-1851 г.г.), известный поэт и философ, был последним правителем, сочетавшим светскую и духовную власти. Во время своего двадцатилетнего правления он продолжил успешное развитие Черногории, образовав органы судебной, административной и военной власти. В своих поездках по Европе Негош встречался со многими политическими лидерами, сановниками, известными людьми, способствуя формированию положительного внешнеполитического имиджа Черногории, признанию страны ведущими мировыми державами как независимого государства, с определенными границами и территорией. Похоронен он в мавзолее на вершине горы Ловчен, где с высоты 1660 метров открывается вид на всю Черногорию и на ее сердце - Цетинье.
Преемник Негоша - Данило Петрович (1851-1860 г.г.) был первым светским правителем со времен Ивана Црноевича. При нем была освобождена значительная часть бывших черногорских земель. Князь Данило также уделял большое внимание налаживанию отношений с Западом. После большой военной победы над турками в Граховце (1858 год) и установлении государственных границ Черногории, которые были признаны крупнейшими государствами на Константинопольской конференции, страна официально закрепила свой суверенитет.
Никола Петрович (1860-1918 г.г.) унаследовал трон в годы, когда на европейской политической арене снова поднимался "восточный" вопрос. Черногория одержала верх над османами, в результате чего черногорские политики достигли многих целей, в числе которых - полное международное признание страны на Берлинском конгрессе, возвращение городов Бар и Улцинь (выход к морю), а так же городов Подгорица, Никшич и Колашин. Таким образом, Черногория увеличила свои территории, население и приобрела определенные экономические выгоды. При этом черногорцы проявили большую терпимость по отношению к местному населению, так что многие мусульмане и этнические албанцы остались жить в Черногории и получили все гражданские права и свободы. Многие представители этих групп населения заняли высокие позиции в органах государственного управления и на военной службе.
В XIX веке внешняя политика Черногории определялась ее естественным стремлением к выходу на Адриатическое побережье, а также к присоединению прилегающих плодородных равнин Северной Албании и западной части османского санджака. В этом направлении Черногория встречала поддержку со стороны России, но наталкивалась на сопротивление Австрии, которая стремилась подчинить Черногорию своему влиянию. Черногория стала одним из узлов русско-австрийских противоречий на Балканах и сама втягивалась в эти противоречия, вынуждаемая присоединяться то к одной, то к другой стороне.
Русское влияние всё же остается доминирующим в Черногории на протяжении всего XIX века. Еще в 1806 году она заняла важный порт на побережье Адриатического моря - Боко Которский, однако на Венском конгрессе (1814-1815) его передали Австрии. Неудача этой попытки найти выход к морю побудило Черногорию обратиться за активной помощью к России. Часть плодородных албанских земель, переданных Черногории по Берлинскому трактату, была силой удержана албанцами. Хотя взамен их Черногория получила порты Антивари и Дульциньо, а также приобрела плодородные равнины Никшича и Подгорицы, она получила ограничения на железнодорожное строительство и судоходство, а это отрезало Черногорию от Сербии. Таким образом, увеличив вдвое территорию и население Черногории, Берлинский трактат 1878 года всё же не разрешил полностью главную проблему ее существования и даже осложнил ее, поставив Черногорию в полную зависимость от Австро-Венгрии, которая сжала ее со всех сторон.
К началу 20 века экономическое положение Черногории было крайне тяжелым. Наиболее доходные отрасли народного хозяйства раздавались в концессии иностранцам, в основе же экономики по-прежнему преобладал средневековый способ обработки земли оралом на волах, а в горных областях - вплоть до ручного способа. Велика была зависимость страны от урожая, из-за отсутствия которого нередко случались голодные годы. Скотоводство, исторически имевшее в Черногории большее значение, нежели земледелие, по-прежнему оставалось примитивным (пастушеским). Не удивительно, что из года в год торговый баланс оставался пассивным, а государственный долг постоянно рос. Промышленности в Черногории фактически не было.
В силу этих причин в широких массах появилось недовольство правительством и лично князем Николой. Следуя примеру своего покровителя царя Николая II, 19 декабря 1905 года князь Николай принял первую черногорскую конституцию. Согласно ей было учреждено народное собрание (Скупщина). Активное избирательное право получили все граждане, достигшие 21 года, пассивное - лица, достигшие 30-летнего возраста и платившие 15 крон налога. Впрочем, реально конституция содержала такое количество оговорок, что значение Скупщины свелось к минимуму и вся власть по-прежнему оставалась в руках князя, назначавшего министров, издававшего законы. В 1910 году, вспомнив папское благословение XI века, князь Никола провозгласил себя королем, а страна стала называться королевством.
Основной установкой внешней политики короля Николы было объединение всех югославских земель, включая Сербию, под властью Нйгошей. С этой целью Никола вначале искал поддержки у Австрии, как наиболее близкой к Черногории державы, к тому же, враждебной Сербии, заключив с ней в 1907 г. секретный договор, отдавший на откуп Австрии по существу всю экономику страны. В то же время он старался поддерживать хорошие отношения с Россией, от которой получал субсидии. Однако эта политика балансирования между двумя враждебными государствами не увенчалась успехом. В 1912 г. Черногория примкнула к Балканскому союзу и участвовала в Балканских войнах (1912-1913). В результате этих войн Черногория в полтора раза увеличила свою территорию
Черногория едва успела вступить во владение новыми землями, как в 1914 году началась Первая Мировая война. Черногория выступила на стороне Антанты, но в январе 1916 году была вынуждена отступить перед австрийскими войсками, занявшими всю страну. Король Никола 17 января бежал, а 7 февраля Черногория подписала акт о капитуляции, признав над собой австро-венгерский оккупационный режим. Великие державы в своей политике всё более ориентировались на Национальный совет буржуазной оппозиции, который находился в вынужденной эмиграции и в 1917 г. присоединился к декларации южных славян на острове Корфу о создании единого государства сербов, хорватов и словенцев. Авторитет бежавшего короля Николая начал падать, и вскоре он вообще его потерял. "Великая Скупщина", собравшаяся в Подгорице 17 декабря 1918 г., объявила династию Нйгошей низложенной, а Черногорию - включенной в Королевство сербов, хорватов и словенцев.
Покинутый всеми, в 1921 г. Николай умер в эмиграции во Франции и похоронен в русской церкви итальянского города Сан-Ремо. Впервые за многовековую историю имя Черногории исчезло с политической карты Европы, страна стала частью Королевства сербов, хорватов и словенцев (с середины 20-х годов - Королевства Югославии).
Сразу же после начала Второй Мировой войны страна подверглась нападению Италии. Во время войны 10% населения Черногории было убито в сражениях с оккупантами и местными националистическими и фашистскими отрядами. Свободолюбие черногорского народа широко проявило себя во время вооруженного народного восстания 13 июля 1941 года, внесшего огромный вклад в антифашистское движение в Югославии. Борьба с фашизмом во время войны позволила Черногории восстановить свой государственный статус и в 1946 году она стала одной из шести равноправных республик социалистической Югославской федерации, в ней была созвана местная скупщина и образовано правительство.
Характер внутриполитической системы федерации в ранний послевоенный период делал конституционные и юридические возможности республик, включая Черногорию, больше формальными, чем реальными. Но в 70-х годах началось значительное движение к децентрализации и демократизации, которое усилило позиции республик. Однако в результате смерти Иосипа Броз Тито, сосредоточившего в своих руках всю власть в стране, неспособность и неготовность республиканских лидеров начать ряд политических реформ и демократическим способом решить вопрос о сохранении или роспуске федерации привели к тому, что Югославия была охвачена кровавой гражданской войной, завершившейся в начале 90-х годов отделением Хорватии, Словении, Македонии и Боснии и Герцеговины.
Военный конфликт 1990-х годов на территории бывшей СФРЮ обошел Черногорию стороной. Этому положительному обстоятельству страна во многом обязана своей твердой позиции в вопросе обретения полной независимости. В 1992 году Черногория вместе с Сербией образовали новое государство - Союзную республику Югославия. Однако из-за разногласий между республиками СРЮ просуществовала чуть более 10 лет и была ликвидирована 4 февраля 2003 года. В этот же день провозглашено образование Государственного сообщества Сербии и Черногории. Обе республики стали независимыми государствами. Через три года каждая из стран-участниц Сообщества может провести референдум о полной независимости.